《SHUFFLE! MEMORIES》是一個神族、魔族和人類混居的世界中發生的故事。在這個世界裡，人們已經習慣了這種不尋常的生活。故事主要發生在國立巴貝那學園，主角土見稟是一位平凡的少年，童年時因失去父母而寄宿在青梅竹馬芙蓉楓的家中，兩人感情十分要好。神王的女兒莉希安薩斯和魔王的女兒奈莉奈因為念念不忘與稟的邂逅，來到他的身邊。莉希安薩斯個性活潑開朗，擅長料理和運動；奈莉奈則擁有高超的智商和天使般的歌喉。隨著兩位少女的到來，稟的生活變得更加豐富多彩，三人之間逐漸展開了一段充滿趣味與情感交織的故事。