《法证先锋2》讲述了法证部高级化验师Tim Sir（欧阳震华饰）与法医阿Sam（林文龙饰）联手破案的故事。阿Sam正筹备与女友汀汀（钟嘉欣饰）的婚礼，而刚从英国回来的拆弹专家Ivan（郑嘉颖饰）因成功处理炸弹危机获得Tim Sir赏识。扫毒组督察马帼英（佘诗曼饰）追查毒枭戴贵时，戴贵却在交易现场遭遇汽车爆炸，导致途经现场的汀汀死亡、Tim Sir女友小柔（蒙嘉慧饰）重伤。悲痛欲绝的阿Sam与团队展开调查，帼英调任重案组后怀疑爆炸案与敌对毒枭石头勇有关。众人抽丝剥茧，在法证科学与刑侦手段结合下，逐步揭开背后错综复杂的阴谋与复仇真相。