《超时空要塞2再爱一次》的故事發生在第一次宇宙大戰結束十年後，地球正處於和平重建的時代。某天，位於文化公園旁廢棄多年的SDF1戰艦突然啟動，並向天空發射了一束粒子流，引發了全城警報。這一異常現象讓身為記者的神崎響感到好奇。歷史記載中，SDF1主炮自動開火的情況只發生過一次，那是在傑特拉蒂軍初次入侵太陽系時。隨著調查的深入，神崎響發現地球正面臨新的威脅——來自外星種族馬爾杜克的入侵。馬爾杜克的軍隊同樣利用歌聲驅動戰鬥部隊，其威力甚至超越了地球曾依賴的「林明美攻擊」。面對前所未有的危機，地球統合軍必須尋找新的應對策略，而神崎響也捲入了這場關乎人類命運的戰鬥之中。