故事发生在东京八丈岛近海，一座连接全球警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”即将正式启动。为与欧洲刑警组织联网，世界各国的IT工程师纷纷到场，同时一项基于人脸识别系统的“新技术”也在测试中。柯南和少年侦探团受邀来到八丈岛赏鲸，期间柯南接到冲矢昂（赤井秀一）的电话，得知欧洲刑警组织成员在德国被黑衣组织成员琴酒杀害。为调查真相，柯南潜入前往“太平洋浮标”的警备艇，进入设施内部。设施内正为系统启动做准备，然而一名女性工程师遭到黑衣组织绑架，她手中的U盘也被夺走。与此同时，灰原哀在八丈岛也感受到危险逼近，黑影悄然靠近。海中传来诡异的螺旋桨声，一场紧张的对决即将展开……