《圣斗士星矢圣斗少女翔》讲述了一个关于反抗命运的故事。主人公翔子是流星学园中等部的学生，她的姐姐响子五年前去海外留学后便失去了联系。某天，翔子突然遭到邪精灵的袭击，由此揭开了她与姐姐的宿命——她们与女神雅典娜、圣斗士以及圣斗少女有着紧密的联系。邪神厄里斯即将复活，她的手下邪精灵也开始活跃。与此同时，星矢等人正在银河战争与十二宫的恶斗中奋战，而沙织与圣斗少女则在黄金圣斗士的协助下，与邪精灵展开激烈对抗。翔子开始接受圣斗少女的训练，试图掌握命运的钥匙。尽管面对残酷的命运，少女们依然选择奋起反抗，与诸神展开壮烈的战斗。