南十字岛是一座位于日本南方的神秘岛屿，少年津名志拓人独自游泳来到岛上，进入南十字学园就读。性格开朗的他很快结识了扬卷和子、进藤须方等个性鲜明的同学。然而这座岛屿隐藏着巨大秘密——地下沉睡着被称为"赛巴迪"的巨型机器人，而学园的学生们正是守护这些机体的"绮罗星十字团"成员。拓人意外觉醒了操控赛巴迪的能力"银河美少年"，被卷入与神秘组织"零之时间"的战斗中。随着战斗升级，拓人逐渐揭开自己身世之谜，以及南十字岛与赛巴迪背后隐藏的惊人真相。在友情与使命的抉择中，少年们驾驶闪耀的机体，为守护重要之人而战。