《PHIBRAIN神之谜题1》讲述了一群高智商学生在私立学院解谜部中挑战各种难解之谜的故事。主人公大门界人性格开朗，运动能力出众，擅长解谜。他与外表凶恶的逆之上住门、外表可爱但内心腹黑的丘比克以及学生会会长轴川总司等人共同组成了解谜部，致力于解开世界各地的谜题，并参加全国高中生解密选手赛。大门界人的出色表现引起了神秘智慧集团POG的注意，该集团暗中操纵，使得大门一行人开始挑战名为“贤者之谜”的危险游戏。这个谜题不仅考验智力，还隐藏着危及生命的风险。然而，热爱解谜的大门界人毅然接受挑战，带领团队踏上解开谜题的征程。