《数码宝贝6》讲述了世界崩溃的危机时刻。暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽，进化成强大的秩序兽，意图吞噬现实世界。世界树的计划即将实现，现实世界面临毁灭。在绝望中，被选中的孩子们奋力抵抗。太一不在，大和担起领导责任，加布兽的鼓励让他重拾信心，亚古兽则坚信太一终会归来。恒常性试图处置失控的秩序兽，并启动干涉现实世界的最终计划。为了阻止毁灭，孩子们与搭档数码兽拼死战斗。迪路兽的绝望话语揭示了所有光芒汇聚于缅因猫兽的事实。面对最终抉择，被选中的孩子们必须决定自己的未来。他们的冒险将迎来新的进化，为拯救世界而战。