《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》是《新世纪福音战士》系列的第二部剧场版，分为“Air”与“真心为你”两部分。故事承接TV版第24集，讲述了NERV组织与SEELE之间的最终冲突。SEELE试图通过“人类补完计划”实现人类的统一，而NERV的碇元渡则有自己的隐秘计划。绫波丽在与碇元渡的约定中走向命运的终结，葛城美里则在保护碇真嗣和明日香的同时，揭露“第二次浩劫”的真相。赤木律子因对碇元渡的憎恨，试图引爆MAGI系统，但最终失败。碇真嗣在经历了心灵崩溃后，逐渐接受了自己的存在与选择。最终，人类补完计划启动，人类的精神融合为一个整体，但真嗣选择了拒绝，重新回归个体意识。这部剧场版为旧世纪《新世纪福音战士》画上了句号，探讨了人性、孤独与存在的深刻主题。