在《皮皮鲁和鲁西西地球之钟奇遇记 第三季》中，皮皮鲁和鲁西西兄妹俩再次踏上冒险旅程。皮皮鲁因调皮拨乱了“地球之钟”，导致地球上所有人都陷入沉睡。为了修复地球之钟，兄妹俩决定联手行动，却遭遇了企图霸占魔方市的奇奇大王。在争抢过程中，地球之钟碎裂成六块零件散落在各地，同时童话宇宙与现实宇宙部分融合。为了找回零件并恢复世界的秩序，皮皮鲁和鲁西西先后前往“三眼国”、“零食王国”、“眼泪湖”等地展开了一系列奇趣的冒险。在与奇奇大王的对抗中，他们逐渐学会了团结与包容，收获了成长，最终成功修复了地球之钟，让世界重回正轨。