《公元粤配》讲述了一个关于背叛与救赎的惊悚故事。Peter（郭富城饰）原本是个沉迷电脑世界的年轻人，在哥哥Gregory的庇护下过着无忧无虑的生活。然而当千禧年来临之际，Gregory因参与国防软件项目被指控出卖国家机密而遭杀害，Peter的世界瞬间崩塌。为查明真相，Peter前往新加坡展开调查，途中邂逅神秘女子（郭妃丽饰），并卷入一场涉及国际阴谋的危险游戏。随着调查深入，他发现哥哥的死与黑帮头目（吴镇宇饰）和神秘黑客（吴彦祖饰）有着千丝万缕的联系。在生死追逐中，Peter不仅要面对各方势力的追杀，更要揭开一个足以颠覆国家安全的惊天秘密。