在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人保留了旧世界的记忆。一位恢复记忆的科学家成立了覆灭组织，突袭政府官邸企图利用骑士系统统治世界。覆灭组织使用神秘力量使冰室幻德、桐生战兔和万丈龙我失去变身能力，并绑架美空以夺取白色金属板。冰室幻德被迫与覆灭组织合作，暗中却计划反击。最终他变身为假面骑士格里斯，与战兔等人联手对抗覆灭组织。在激烈的战斗中，他们成功救出美空并粉碎了科学家的阴谋，守护了新世界的和平。故事穿插了TV版第1话、第21话和第22话背后的关键事件，揭示了冰室幻德从反派到英雄的转变历程。