《瞳孔中的暗杀者》讲述了柯南在街头目睹一名警察在雨中被射杀，凶手逃脱。死者闭眼时紧抓左胸，暗示那里有警察手册。不久，另一名警察在地下车库也被射杀，手中同样拿着警察手册。目暮警官等人对案件保密，只对毛利小五郎和柯南说“Need not to know”，暗示案件与警察内部有关。柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴时，停电瞬间，小兰与女警佐藤在洗手间遭遇枪击，佐藤中弹，小兰因自责失去记忆。目暮透露，两名死者与佐藤曾重查一桩医生自杀案，涉及警察局长的公子。柯南怀疑局长公子是嫌疑人，并发现宴会上少了两个人，案件真相逐渐浮出水面。