《特种部队:眼镜蛇的崛起》讲述了近未来，武器研发集团MARS的创始人詹姆斯·麦库伦发明了名为“纳罗脉”的微型机器人，这种机器人能在短时间内吞噬敌人，威力巨大。北大西洋公约组织对此产生了浓厚兴趣，并向MARS集团购买了四颗纳罗脉弹。然而，在运送途中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击，纳罗脉弹被劫走。特种部队“G.I. Joe”奉命追查此事，发现幕后黑手是神秘组织“眼镜蛇”。随着调查深入，特种部队成员们不仅要面对眼镜蛇的威胁，还要揭开隐藏在背后的更大阴谋。影片展现了激烈的战斗场面和复杂的剧情冲突，特种部队成员们团结一致，最终成功挫败了眼镜蛇的邪恶计划。