《清凌凌的水蓝莹莹的天》讲述了上水村村主任钱大宝与同父异母的弟弟钱二宝之间的故事。钱大宝为人正直，担任村主任，而钱二宝则经营一家企业。一次，钱大宝为女儿多多举办毕业宴会，不料全村老少因食物中毒被送往医院。调查发现，中毒事件与钱二宝企业排放的污水有关，导致水源污染，甚至影响了满一花在水库养殖的鱼。新任乡长陶晓蕙是钱大宝的高中同学，两人曾有过节。她对钱大宝处理中毒事件的方式不满，认为他偏袒弟弟。钱二宝因生产合同压力，偷偷撕毁封条重新开工。为了保护村民的生命安全，钱大宝不惜以跳井相威胁，逼迫钱二宝关闭工厂。此事导致兄弟二人关系破裂，形同陌路。故事围绕兄弟情谊、环保与乡村发展展开，展现了农村生活中的矛盾与温情。