《全金属狂潮4》的故事延续了前作的背景，设定在90年代的架空世界，美苏冷战仍在持续，科技水平略高于现实世界，其中存在着名为ARM SLAVE的巨大人形兵器。男主角相良宗介是神秘国际军事组织“秘银”的特种兵，专门执行化解军事冲突和特殊危机的任务。在一次俄罗斯任务结束后，他接到新的任务——化装为高中生潜入日本东京的一所高中，负责保护16岁的女高中生千鸟要。千鸟要看似普通，实则背负着不为人知的特殊命运。相良宗介从小在战火中长大，对普通人的生活毫无经验，两人的相遇引发了一系列紧张刺激的事件。在执行任务的过程中，他们不仅要面对国际恐怖组织的威胁，还要应对校园生活中的种种挑战，逐渐揭开了千鸟要身上隐藏的秘密，并共同展开了一段充满冒险与危机的旅程。