《妙手仁心2粤配》承接前一辑的故事，两年后，风流不羁的黎国柱与冷静聪明的江新月延续着他们的爱情，保持着亲密爱人却不愿同居的关系。江新月的弟弟江满月因艾滋病去世，临终前他收养了一只小狗仔仔，成为轮流寄养于各人家中的小宠物。张创业与周淑茵已婚并定居英国，而乐观多言的张家裕与凌少霞则在非洲的穷乡僻壤中继续他们的医疗事业。与此同时，医院里的医生和护士们在各自的职业和情感生活中面临着新的挑战。吴启华饰演的程至美与陈慧珊饰演的唐姿礼之间的感情也逐渐升温，而林保怡饰演的黎国柱则在与蔡少芬饰演的江新月的复杂关系中寻找平衡。剧中通过一系列医疗案例和人物情感纠葛，展现了医护人员在救死扶伤的同时，面对生活与爱情的种种考验。