暗红色夕阳笼罩着废墟城市，少年拓人攥紧父亲遗留的奥特曼变身器。这个被怪兽摧毁的世界里，那道银色身影是所有人最后的记忆。当异变能量体开始寄生人类躯体，他发现自己继承的光之力量竟带着诡异的黑色纹路。
昔日守护神如今沦为通缉对象，拓人不得不在流浪途中集结另几位"异常适能者"。总爱哼歌的机械师少女能修复破损变身器，总戴着防毒面具的男孩体内沉睡着海洋怪兽基因。他们驾驶改装的装甲卡车穿越辐射区，车尾总跟着只捡来的电子宠物——那其实是光之国遗失的终极兵器核心。
最新目击报告显示，某座废弃发电站里出现了会模仿人类语言的怪兽。当拓人举起闪烁黑光的变身器时，他听见怪兽胸腔里传来父亲当年作战时的通讯录音。