与暗印人的战斗过去半年后，连接卫星区和都市区的桥梁代达洛斯桥终于完成，两区之间的界线逐渐消失。新童实野市建造了大量专为骑乘决斗设计的高速公路，并开发了激速世界2系统取代旧版。然而，新的威胁悄然降临。来自未来的伊利亚斯特尔组织持有强力怪兽“机皇帝”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们的阴谋，不动游星、杰克·阿特拉斯、克罗·霍根、十六夜秋、龙亚、龙可等人组成5D's队，与伊利亚斯特尔展开激烈对决。在这场关乎未来的战斗中，游星等人不仅要面对强大的敌人，还要揭开隐藏在历史背后的真相，拯救新童实野市的命运。