在《超人动画版第二季》中，超人继续守护大都会，同时面临来自氪星宿敌的挑战。本季揭示了更多关于氪星文明的秘密，超人发现了神秘的幻影区，意外释放了被囚禁的氪星叛军玛拉。然而玛拉很快背叛了他，并与更危险的贾克斯·乌尔联手威胁地球。与此同时，天启星暴君达克赛德的阴影再度笼罩，超人不得不同时应对地球上的超级罪犯和外星入侵。在卢瑟的阴谋、氪星科技的滥用以及星际战争的危机中，超人最终击败了玛拉和乌尔，将他们重新封印回幻影区，并挫败了达克赛德的侵略计划。本季深入探索了超人作为"最后的氪星之子"的身份认同，展现他在人类与氪星遗产之间的挣扎。