《愤怒的天使》讲述了抗日战争后期，中国科学家成功研制出盘尼西林（青霉素）菌种和配方，这一医学成果成为各方势力争夺的焦点。日本特高课、国民党军统特务以及上海黑帮组织纷纷介入，试图夺取这一重要资源。与此同时，中共地下党人为了保护这一成果，与各方势力展开激烈斗争。外科医生陈慧琳原本毫无政治意识，但在经历了一系列风雨后，她毅然拿起手术刀，投身复仇与保卫的行列。心理医生西义敏郎表面温文尔雅，实则是日本间谍，暗中策划阴谋。在这场谍战悬疑的较量中，各方人物命运交织，故事紧张刺激，展现了抗日战争背景下的人性与抉择。