在《哥斯拉大战金刚3超新星之战》中，帝王组织已在骷髅岛建立观察区，金刚也已成长为强大的巨兽。一家名为APEX的高科技公司试图利用公开资料消灭哥斯拉，却意外引发哥斯拉的愤怒反击。为了对抗哥斯拉，APEX决定利用金刚探索地心世界，以获取更多能源。金刚与他的保护者们踏上了艰难的旅程，其中包括一位与金刚有着特殊联系的孤儿女孩吉雅。然而，他们的航程并不顺利，途中与愤怒的哥斯拉狭路相逢，一场激烈的巨兽对决不可避免。与此同时，深藏在地心深处的神秘力量也逐渐浮出水面，威胁着整个世界的安危。在这场超新星之战中，人类与巨兽的命运交织，共同面对一场前所未有的危机。