在《蓝巨星与绿豆鲨 第三季》中，邪恶的绿豆鲨带领手下招财、进宝继续觊觎美丽的珊瑚村，企图霸占这片海域并吃掉无辜的海洋居民。善良的小蓝鲸在千年老龟龟博士的守护下成长，每当危机来临，他只要食用神奇的海苔就会变身为强大的蓝巨星。本季中，蓝巨星不仅要应对绿豆鲨层出不穷的阴谋，还要面对新的威胁——来自深海的神秘黑暗势力。随着龟博士逐渐揭开小蓝鲸的身世之谜，蓝巨星必须学会掌控更强大的力量，才能保护珊瑚村的伙伴们。与此同时，绿豆鲨意外获得了远古邪恶兵器，使得正邪对决更加激烈。在友情与勇气的考验中，蓝巨星和伙伴们将展开一场惊心动魄的海洋保卫战。