《非常小子马鸣加 第二季》延续了第一季的轻松活泼风格，讲述了小学低年级学生马鸣加和他的小伙伴们充满童趣的校园生活。新学期开始，马鸣加和同学们迎来了新挑战：学习用毛笔写字时闹出墨水大战，体育课上为跳绳比赛偷偷加练却摔了个大跟头。他和同桌女生从互相嫌弃到成为好朋友，一起解决"三八线"纠纷，还合伙养起了班级小仓鼠。放学路上捡到流浪小狗的温馨故事，展现了孩子们纯真的爱心。随着季节变换，马鸣加经历了第一次独立完成值日生的成就感，也为忘记带作业本急得团团转。这些平凡而充满欢笑的小事，勾勒出孩子们在成长过程中遇到的烦恼与快乐，传递出童年最本真的美好。