《熊熊启蒙之奇妙百科》讲述童年时期的熊大、熊二和光头强相遇后发生的故事。光头强跟随熊大和熊二来到大树幼儿园，这是一个充满小动物的奇妙世界。幼儿园的小动物们对人类光头强充满好奇，光头强也因遇到会说话的动物们感到兴奋，拿出小汽车与大家分享。然而，熊大对此感到不满，因为以往大家都围绕着他转。在猫头鹰老师的引导下，熊大逐渐接受光头强，大家开始愉快地一起玩耍和学习。每个角色都有自己的特点，他们在幼儿园中学会知识、管理玩具、友好交往，并在游戏中学会思考和解决问题。大树幼儿园的小伙伴们对森林中的奥秘充满好奇，如水从哪里来、夜晚太阳去哪儿等。故事通过他们的探索，带领观众一起寻找答案，感受友谊和成长的乐趣。