《齐木楠雄的灾难第二季》延续了超能力高中生齐木楠雄的日常喜剧。为了避免引人注目，粉色头发的齐木时刻用超能力维持平凡生活，却被性格各异的同学不断打破计划：热血笨蛋燃堂力、中二病海藤瞬、自恋狂照桥心美等人总引发各种麻烦。本季新增"咖啡果冻争夺战"等爆笑剧情，齐木既要应付突发危机又要守护心爱的甜点，还要躲避自称"完美美少女"的照桥的追求。随着新转学生鸟束零太的加入，这位能看见幽灵的通灵者给齐木带来了更多哭笑不得的困扰。每集以单元剧形式展现超能力者与普通人之间荒诞又温馨的互动，在拯救世界与享用咖啡果冻之间，齐木楠雄再次面临令人捧腹的"灾难"人生。