《神秘博士：时间尽头》讲述了第十任博士来到地球后，发现天空中出现了诡异现象。原来，Master利用古老力量控制了人类，使人们如同牵线木偶般行动。博士试图打破这一控制，过程中遇到了许多熟悉的面孔。与此同时，时间开始错乱，博士逐渐意识到这一切可能与“时间的尽头”这一宏大概念有关。他一边躲避Master的追杀，一边努力寻找恢复地球和平及修正时间的方法。剧情紧张刺激，展现了博士对抗邪恶、拯救世界的艰难历程，并为后续故事留下诸多悬念。特别篇分为上下两部，围绕博士与Master的最终对抗展开，最终博士为拯救同伴承受能量过载而重生。