一天，宇宙开发中心上空突然出现了一艘来历不明的宇宙飞船，一名神秘女子现身，随后中心遭到两只怪兽的袭击。高斯奥特曼及时出现，但怪兽异常顽强，高斯几乎不敌。关键时刻，春野武藏挺身而出，与高斯合为一体，使得高斯的威力大增。就在怪兽即将被击败之际，另一个奥特曼杰斯提斯突然出现，并出手阻止高斯保护地球，最终导致高斯和武藏被怪兽击败身亡。原来，神秘女子来到地球的目的是为了维持宇宙秩序，计划消灭地球上所有生物。地球各国纷纷采取措施试图自救，但高斯的死亡似乎提前宣告了地球的末日。就在地球即将毁灭之际，武藏的亲人和队友们坚信高斯和武藏并未真正死去，他们四处奔走，期待奇迹的出现，拯救地球于危难之中。