故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾驶途中意外身亡，警方初步认定为交通事故。然而，柯南发现这起事故与15年前的海难有着神秘的联系。随着调查的深入，柯南与毛利小五郎登上一艘豪华游轮，试图揭开真相。在船上，他们遇到了多位与海难有关的人物，并逐渐发现这背后隐藏着一场精密的复仇计划。柯南必须在游轮抵达目的地前破解谜团，阻止新的悲剧发生。