在晨雾弥漫的京都舞鹤湾，一艘可疑船只被发现。船上残留的数据和零件确认是日本所没有的，这一消息让全国陷入紧张。与此同时，柯南、小兰和毛利小五郎受邀参观海上自卫队的宙斯盾舰“雾岛”，并参与了一次模拟演习。演习中，一艘不明国籍的船只突然出现，自卫队迅速展开侦查。柯南在船上发现了一名受伤的自卫队员，并在他的手中找到一张写有暗号的字条。随着调查的深入，柯南逐渐揭开了隐藏在背后的阴谋——一艘搭载有恐怖分子的潜水艇正潜伏在日本海域，企图发动袭击。柯南与自卫队合作，利用智慧和勇气，最终成功阻止了恐怖分子的阴谋，保护了国家安全。