《艾克斯奥特曼》讲述了地球防卫队XIO队员大空大地与来自未知领域的奥特战士艾克斯相遇的故事。由于15年前父母在怪兽灾害中失踪，大地立志研究怪兽生态。某日他意外获得神秘装置"艾克斯终端"，并借此与数据化的艾克斯奥特曼合体。艾克斯拥有独特的"数据化装甲"系统，能通过虚拟卡片与其他奥特曼或怪兽力量融合。随着各种凶暴怪兽和宇宙人接连出现，大地与XIO队员们运用现代科技武器，与艾克斯共同对抗威胁。在战斗中，大地逐渐发现父母失踪的真相与艾克斯来到地球的使命紧密相关。该剧创新性地将数码科技元素融入传统奥特曼设定，展现了主角团通过团队协作与科技创新守护地球的冒险历程。