在《名侦探柯南剧场版 天空的遇难船》中，铃木财团的顾问铃木次郎吉为了一雪前耻，斥巨资打造了豪华飞行船"贝尔·雪利二世号"，并以镶嵌珍贵宝石"天空的贵妇人"的戒指为诱饵，再次向怪盗基德发出挑战。基德欣然应战，宣称将在飞行船从东京到大阪的六小时航程内盗走宝石。与此同时，柯南、小兰、少年侦探团等人受邀登船见证这场对决。然而飞行途中，一群神秘武装分子突然劫持了飞船，并释放了致命病毒"红色暹罗猫"。面对突如其来的危机，柯南与基德不得不暂时联手，在万米高空展开了一场惊心动魄的攻防战。随着真相逐渐浮出水面，这场看似简单的宝石争夺战背后，竟隐藏着更大的阴谋......