在《名侦探柯南：通往天国的倒计时》中，柯南一行人受邀参观西多摩市新建成的全日本最高双塔摩天大楼。这座由尖端科技打造的建筑即将举行开幕典礼，大楼所有者同时邀请了毛利小五郎和毛利兰。参观过程中，柯南发现大楼内接连发生可疑事件，多位与黑衣组织有关联的人物相继出现。随着调查深入，柯南意识到这座大楼隐藏着惊人秘密，而黑衣组织的阴谋正在暗中展开。当大楼突然陷入危机，倒计时启动时，柯南必须在有限时间内解开谜团，阻止灾难发生，同时保护身边所有人的安全。故事在惊心动魄的倒计时追逐中达到高潮，柯南将运用智慧与勇气，与黑衣组织展开终极对决。