自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉的混战结束后，帝王组织在骷髅岛建立了观察区，并将大部分资料向公众开放。此时的金刚已经长大，成为强大的巨兽。一家名为APEX的高科技公司利用这些资料，试图执行一项大胆的任务，计划消灭哥斯拉。然而，这项任务充满了风险和危机。哥斯拉感应到了APEX制造的机械巨兽，开始向人类发动攻击。为了应对这一威胁，APEX决定利用金刚探寻地心世界，以获取更多能源。金刚一心只想回到真正的家园，与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们同行的还有一个年轻的孤儿女孩吉雅，她与金刚之间有着独特而强大的联系。然而，在前往地心世界的航道上，他们意外遭遇了愤怒的哥斯拉，双方展开了一场激烈的对决。与此同时，深藏在地心深处的奥秘也逐渐揭开，揭示了巨兽起源的真相。