自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉的混战结束后，帝王组织在骷髅岛建立了观察区，并将大部分资料向公众开放。此时的金刚已经长大。一家名为APEX的高科技公司利用这些资料，尝试进行一项大胆的任务，意图消灭哥斯拉，但这项任务充满了风险和危机。哥斯拉感应到了APEX的机械巨兽，开始向人类发动攻击。APEX见状决定利用金刚探寻地心世界，以获得更多能源。金刚一心只想回到真正的家园，他与他的保护者们踏上了艰难的旅程。与他们同行的还有一个年轻的孤儿女孩吉雅，她与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。然而，在前行的航道上，他们与愤怒的哥斯拉狭路相逢，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开……