四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝代欧奇希斯。居住在臭氧层的天空神奇宝贝烈空坐认为代欧奇希斯侵略了它的领域，双方展开了一场激烈战斗。最终，烈空坐凭借最后一击打败了代欧奇希斯，其核心沉入海底。伦多博士与其助手优子及儿子小超目睹了这一切，并带走了陨石中尚未苏醒的另一个代欧奇希斯核心。然而，小超因此变得极度害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为挑战对战塔来到小超居住的高科技城市拉鲁斯市。阴差阳错下，小超被误认为挑战者与小智一同登上竞技场。与此同时，代欧奇希斯完全复活，依据同伴的信号来到拉鲁斯市。烈空坐也感知到代欧奇希斯的复活，迅速飞向城市。两只神奇宝贝的决战一触即发，城市的命运悬于一线。