在旅行途中，小智一行人突然遭遇从天而降的幻之宝可梦波尔凯尼恩。强大的冲击波使小智与波尔凯尼恩被神秘装置锁在一起，被迫共同行动。他们来到拥有巨大齿轮的机械都市阿佐特王国，发现大臣贾维斯正企图夺取500年前诞生的人造宝可梦玛机雅娜体内蕴藏的"魂心"力量。厌恶人类的波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们生活在一起，却不得不与小智携手合作。面对贾维斯的阴谋，小智与波尔凯尼恩必须解开彼此的心结，才能拯救玛机雅娜并揭开"魂心"力量的真相。一场关乎王国命运的激烈对战即将展开，而这段奇妙的羁绊也将改变他们对人类与宝可梦关系的认知。