在《德凯奥特曼》的故事中，地球迎来了久违的和平时代，怪兽灾害逐渐成为历史。随着人类科技的发展，火星移民计划顺利推进，人类正式迈入探索宇宙的新纪元。然而，当人类正准备开辟第二个火星移民地时，新的危机悄然降临。神秘的宇宙能量引发异变，沉睡的怪兽再度苏醒，威胁着人类的未来。年轻的飞行员明日见奏大在一次意外中获得了德凯奥特曼的力量，与精英防卫队GUTSSELECT的成员们并肩作战。面对接踵而至的强大敌人，奏大不断突破自我，在伙伴们的支持下守护着地球与宇宙的和平。随着战斗的深入，一个关乎人类与宇宙命运的更大阴谋逐渐浮出水面……