在1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将遭到神秘破坏招来体的毁灭性攻击。为应对危机，人类利用炼金之星的技术成立了全球防御组织GUARD，其下属战斗部队XIG负责保卫地球。2000年，天才少年高山我梦在一次实验中意外遇见红色光之巨人。当破坏招来体首次入侵时，XIG无力抵抗。危急关头，我梦坠入光之隧道再次遇见巨人，并请求获得力量保护地球。巨人选择与我梦合体，成功击退了入侵者。此后，我梦加入XIG，巨人被命名为"盖亚奥特曼"。然而故事并未结束，另一位青年藤宫博也获得了变身蓝色巨人"阿古茹"的能力。两位奥特曼既要对抗不断来袭的破坏招来体，又因理念差异而陷入复杂纠葛，展开了一场关乎地球命运的壮烈战斗。