1971年，邪恶的修卡组织强迫科学家百濑龙之介进行人体改造实验，将人类变成怪物。龙之介拒绝继续助纣为虐，修卡组织便利用他释放出恶魔迪亚波罗，随后将他流放至宇宙。意外间，龙之介通过黑洞穿越到2071年的未来世界，发现那里已被迪亚波罗统治。为了拯救世界，他使用回旋加速驱动器来到2021年，试图与儿子秀夫合作对抗恶魔。然而，秀夫无法原谅当年抛弃家人的父亲，父子关系陷入僵局。与此同时，五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎等假面骑士纷纷挺身而出，与邪恶势力展开激烈战斗。最终，秀夫被亲情感化，原谅了父亲，两人成功变身为假面骑士世纪。众骑士穿梭于未来与现在，联手守护世界，最终消灭了迪亚波罗。龙之介与秀夫之间的隔阂也随之消散，父子关系重获新生。