《假面骑士 超越世代（中配）》讲述了假面骑士与超级战队联手对抗邪恶势力的故事。一直以来，假面骑士和超级战队共同守护地球和平，但这段历史即将被颠覆。假面骑士Decade成为“大修卡”的大首领向超级战队发动进攻，豪快红亦成为“大残虐”的大帝王对决假面骑士。双方干部口中提及神秘的“大机器计划”，背后隐藏着更大的阴谋。为了查明真相，假面骑士Fourze和GoBusters乘坐DenLiner回到过去寻找线索。与此同时，科学家百濑龙之介因反抗修卡组织被流放至未来，发现2071年的世界已被恶魔迪亚波罗掌控。他穿越回2021年，决心与假面骑士们联手改变未来，展开一场跨越时空的终极战斗。