《假面骑士圣刃 深罪三重奏》讲述了在击败圣主八年后的和平世界里，剑士们各自过着平静生活。神山飞羽真收养了神秘男孩小陆，伦太郎与芽依感情升温，贤人则准备与女友结菜结婚。然而诡异事件接连发生——剑士们相继失踪，身边亲友开始遗忘他们的存在。当飞羽真发现小陆的真实身份竟是来自《假面骑士Ghost》世界的天空寺尊时，两个骑士的世界产生了不可思议的交汇。为查明真相，飞羽真与仅存的伦太郎、贤人重新变身，联手Ghost对抗企图吞噬两个世界的深渊之力。在战斗过程中，三人不得不直面自己内心最深处的罪孽与遗憾，唯有完成这场跨越时空的救赎，才能守护重要之人的记忆与笑容。