《假面骑士利维斯 疑案谜团》讲述了广见、一辉和维斯在追捕人猿亡命徒的过程中，激战后亡命徒逃入深山。三人追踪至一座旅馆，询问怪人的下落。旅馆主人西园寺铃表示不知情，一辉和广见决定召集旅馆内的所有人进行盘问。旅馆员工包括女主人西园寺铃、管家花轮真藏和女仆冰室美砂；住客则有餐饮店员工蛟岛康夫、自由撰稿人权田原太郎和吉他老师上屋直人。不久后，警察追田现八郎也赶到旅馆加入调查。然而，大雨引发山体滑坡，所有人被困在旅馆中，电话信号也中断了。就在众人试图联系外界时，楼上传来惨叫，权田原太郎遇害。与此同时，乔治狩崎联系上了假面骑士警骑照井龙，共同调查近期出现的神秘怪人。一场悬疑与危机交织的故事就此展开。