《假面骑士零一 假面骑士幻梦 智脑与1000%的危机》讲述了引领人工智能潮流的公司“飞电智能”研发出一款AI机器人并投入实际运用后，被妄图灭绝人类的“灭亡迅雷站”黑入系统，导致AI机器人暴走的事件。为此，政府成立了专门针对AI犯罪的特务机关以维持治安。飞电或人原本立志成为搞笑艺人，却突然被告知要继承飞电智能公司社长的位置，因此被卷入了这场危机之中。与此同时，天津垓感染了漏洞体病毒，患上游戏病，并在与病毒的斗争中最终战胜了病魔。然而，痊愈后的天津垓似乎另有图谋，他使用社长升程密钥，让修码吉亚学习了幻梦公司的社长业务知识，使得局势变得更加复杂。飞电或人必须面对AI失控的危机，同时揭开隐藏在背后的阴谋，拯救人类与AI的未来。