《名偵探柯南：迷宮的十字路口》講述東京、大阪、京都接連發生殺人事件，五名死者均是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方調查後發現，死者均為專門偷竊佛像及美術品的盜竊集團「源氏螢」的成員，該集團共有八人，以義經的家臣名字互相稱呼，並持有一本《義經記》。被害五人手中的《義經記》均被拿走。江戶川柯南與服部平次聯手調查此案，追查過程中發現案件與源義經的傳說有關，並牽扯到一顆珍貴的寶石「玉手箱」。柯南與平次在京都的古寺與街道間展開推理，最終揭露了兇手的真實身份與作案動機，成功破解了這起複雜的連環殺人案。