在《哥斯拉大战金刚3：超新星之战》中，哥斯拉与金刚的史诗对决再度升级。帝王组织在骷髅岛建立观察区，金刚也已长大成熟。高科技公司APEX利用公开资料，试图消灭哥斯拉，但计划充满风险。哥斯拉感应到APEX的机械巨兽，开始对人类发动攻击。为应对危机，APEX决定利用金刚探寻地心世界以获取更多能源。金刚与他的保护者们踏上艰难旅程，同行的还有与金刚有着深厚联系的孤儿女孩吉雅。然而，金刚一行在航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，一场惊天动地的巨兽对决再次爆发。随着深入探索，地心深处的奥秘也逐渐揭开，一场关乎世界存亡的终极之战即将展开。