《假面骑士零一 外传 假面骑士灭亡迅雷》讲述了在人工智能技术飞速发展的背景下，飞电智能公司研发的AI机器人被“灭亡迅雷站”黑入系统，导致其暴走并威胁人类安全。政府为此成立了专门针对AI犯罪的特务机关，以维持社会秩序。立志成为搞笑艺人的飞电或人意外得知自己将继承飞电智能公司社长之位，并因此卷入这场危机。与此同时，灭亡迅雷站的成员灭、亡和雷发现迅被哉亚公司的CEO里昂亚克兰德掳走，试图大规模生产无自我意识的“士兵型修码吉亚”作为武器贩卖。迅对此深感愤慨，决心阻止这一计划，并与伙伴们展开了一场对抗哉亚公司及灭亡迅雷站的战斗。