《假面骑士零一与时王 令和第一世代》讲述了引领人工智能潮流的公司“飞电智能”研发出一款AI机器人，并将其投入实际运用。然而，这些机器人被妄图灭绝人类的“灭亡迅雷站”黑入系统，导致其暴走。为了应对这一危机，政府成立了专门针对AI犯罪的特务机关，以维持社会秩序。与此同时，立志成为搞笑艺人的飞电或人突然被告知，自己要继承飞电智能公司社长之位，并因此被卷入这场事件之中。与此同时，身处不同世界的假面骑士零一和假面骑士时王奇迹般地相遇。尽管他们都是为了拯救世界，但各自的梦想和信念却可能引发冲突。当两人的想法碰撞时，未来的走向将如何？他们的相遇究竟是携手战斗的开始，还是敌对的前兆？故事围绕人工智能与人类命运的纠葛展开，探讨了梦想、责任与未来的抉择。