在火星发现的潘多拉魔盒引发天空之壁事件，日本被分割为东都、西都、北都三区。东都频繁出现袭击市民的"猛击者"怪物，天才物理学家桐生战兔变身为假面骑士Build与之战斗。战兔与伙伴万丈龙我调查事件时，逐渐发现政府秘密实验"天空之壁计划"的真相。随着西都首相御堂正邦的阴谋浮出水面，三都间爆发战争。战兔在对抗猛击者与政府阴谋的过程中，意外发现自己竟是实验产物"最佳搭配体"，而挚友冰室幻德也隐藏着假面骑士Rogue的身份。当战兔最终击败幕后黑手Evolto时，为拯救世界选择重置时间线，代价是所有人将遗忘这段共同战斗的记忆。