《重庆谍战》讲述了抗日战争期间，国民党政府为破译日军密码，特派特工秦骜前往武汉抢夺美国密码专家雅德利。在武汉，秦骜重逢失散两年的未婚妻扈渝雯，却发现她已成为中共地下党员陆涯的妻子。三人联手护送雅德利前往重庆"黑室"密码破译基地。工作中，黑室最高级别密码本被盗，陆涯奉命追查却反被诬陷为内奸"独臂大盗"。逃亡中，陆涯与渝雯重燃旧情，二人联手追查真相，发现黑室负责人唐大铭与日本间谍"四姐"有染。当唐大铭遇刺身亡，陆涯从日军手中夺回真密码本，最终洗清冤屈。在国共合作背景下，这群密码战士用智慧与鲜血捍卫着抗战情报战线。